หลวงพ่อพนัญเชิงหรือหลวงพ่อโต หรือพระโตของชาวอยุธยาองค์นี้ ถือกันว่าเป็นพระโบราณคู่บ้านคู่เมืองกรุงศรีอยุธยามาแต่แรกสร้างกรุง พงศาวดารกรุงเก่าฉบับหลวง ประเสริฐอักษรนิติ์ระบุว่าสร้างขึ้นเมื่อพ.ศ. ๑๘๖๘ หรือก่อนสมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๑ สถาปนากรุงศรีอยุธยา ๒๖ ปี และเมื่อกรุงศรีอยุธยาใกล้จะแตก ปรากฏในคำให้การชาวกรุงเก่าว่า พระปฏิมากรใหญ่ที่วัดพนัญเชิงมีน้ำพระเนตรไหลเป็นที่อัศจรรย์

หลวงพ่อพนัญเชิงเป็นที่เคารพสักการะของผู้คนตลอดจนถึงพระมหากษัตริย์มาตลอดทุกยุคทุกสมัย แม้ในสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ รัชกาลที่ ๔ โปรดฯ ให้ปฏิสังขรณ์พระโตทั้งองค์แล้วลงรักปิดทองใหม่ พระราชทานนามว่าพระพุทธไตรรัตนนายก

ในยุครัตนโกสินทร์ได้มีเหตุเภทภัยเกิดแก่หลวงพ่อพนัญเชิง ๒ ครั้ง ครั้งแรกในสมัยรัชกาลที่ ๕ ไฟไหม้ผ้าห่มที่ห่มองค์พระ ทำให้องค์พระชำรุดร้าวรานหลายแห่ง โปรดฯ ให้ซ่อมแซมกลับคืนดังเดิม เสด็จพระราชดำเนินทรงปิดทองแล้วมีสมโภช ต่อมาในรัชกาลที่ ๗ องค์พระส่วนพระหนุ (คาง) พังทลายลงมาจนถึงพระปรางค์ทั้งสองข้างได้ซ่อมแซมจนเรียบร้อยภายในเวลา ๑ ปี ครั้งนั้นได้เปลี่ยนพระอุณาโลมจากทองแดงเป็นทองคำด้วย ในรัชกาลปัจจุบันมีการปฏิสังขรณ์ลงรักปิดทองใหม่ทั้งองค์ ๒ ครั้งแล้วคือในปี ๒๔๙๑ กับปี ๒๕๓๔ - ๒๕๓๖ หลวงพ่อพนัญเชิงเป็นพระองค์หนึ่งซึ่งเป็นที่เคารพนับถือในหมู่ชาวจีนมากโดยเรียกกันว่าซำปอกง นอกจากชาวไทยแล้วยังมีผู้มีเชื้อสายจีนหลั่งไหลกันมากราบไหว้บูชาจำนวนมากและงานประจำปีใหญ่ ๆ ๔ งานก็เป็นงานที่เนื่องด้วยประเพณีจีนเสีย ๒ งาน กล่าวคือ

๑. งานสงกรานต์ ๑๓ เมษายน เป็นงานใหญ่มีการนมัสการและเวียนเทียนประทักษิณรอบองค์พระติดต่อกันถึง ๕ วัน

๒. งานสรงน้ำและห่มผ้าถวาย วันแรม ๘ ค่ำเดือนเมษายน มีการสรงน้ำและเปลี่ยนผ้าห่มผืนใหม่ ส่วนผืนเก่าที่ใช้มาตลอด ๑ปี จะฉีกเป็นชิ้นเล็ก ๆ แจกจ่ายให้ผู้คนนำไปบูชา

๓. งานทิ้งกระจาดหรืองานงิ้วเดือน ๙ จะมีงิ้วและมหรสพอื่น ๆ เล่นประชันกันอย่างครึกโครม จะมีผู้คนนับหมื่นหลั่งไหลกันมานมัสการนับเป็นงานทิ้งกระจาดที่ใหญ่ที่สุดในประเทศไทยทีเดียว

๔. งานตรุษจีนเป็นงานใหญ่อีกงานหนึ่งจะมีการเปิดประตูพระวิหารหลวงไว้ทั้งวันทั้งคืนตลอด ๕ วันที่จัดงาน